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基因组重测序
低深度重测序
低深度重测序
简要概述
全染色体组低长度重测序(Low coverage WGS,LcWGS)指的是采取较低长度(~1×)的重测序数剧资料展开隔代遗传病进化分析,后面依据染色体型放置,将低体积溶解度数剧资料放置为高体积溶解度染色体型数剧资料。LcWGS 不能不程序开拓,测序资金低,够提取全染色体组隔代遗传病进化,更有益于大总量样本量的特性地位及 GS 生物育种用。
应用场景
01. 性状定位
动植物全基因组关联分析
02. 遗传评估
动植物全基因组选择育种
技术优势
  • 变异信息
    丰富
    可赢得全人类基因组的隔代遗传基因变异
  • 高性价比
    以不高的测序成本费用低,刷快高规格的箭头,验测质量高
  • 大群体
    样本检测
    适宜于大消费者的染色体型探测及探索
  • 分型
    准确性高
    立于安置法求,临床表现更成功率多达98%
技术流程
优秀案例
低深度重测序--猪胴体分割性状及形态性状的遗传解析与基因组预测
本研究测定了长白、大白、长大二元以及杜长大三元猪4个群体的2,012头猪的17个分割肉性状和14个胴体性状。使用单倍型GWAS分析和基于基因型填充数据的GWAS分析分别鉴定到14个和112个与胴体分割性状极显著相关的QTLs。利用“中芯一号”芯片检测数据和基因型填充数据对这四个不同群体的分割肉性状和胴体性状进行全基因组选择研究。比较不同基因型数据、不同群体、以及不同预测模型对基因组预测准确性的影响。
图1 GWAS特性定位功能及GS数据较为
参考文献
Xie, L., Qin, J., Rao, L., Cui, D., Tang, X., Chen, L., Xiao, S., Zhang, Z., & Huang, L. (2023). Genetic dissection and genomic prediction for pork cuts and carcass morphology traits in pig. Journal of animal science and biotechnology, 14(1), 116.
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